{Церковь} Благ. кн. Феодора Ярославича; {церковь} Прп. Исидора Пелусиота

К югу от Троицкого собора стоит двухэтажный Феодоровский корпус, который в 1725 начал строить Т. Швертфегер, в 1742 продолжил П. А. Трезини, а после его отъезда закончил Иван Росси. Юго-восточный угол корпуса завершает заложенная 9 августа 1745 двухэтажная церковь, симметричная Благовещенской. Через семь лет она была окончена вчерне. В 1755-1761 по проекту М. Д. Расторгуева к ней пристроили лестницу. К 1766 отделка верхнего и нижнего храмов закончилась, и в них поставили иконостасы, причем для верхнего он был взят из походной церкви русской армии в Кенигсберге. Дополнительно три образа написал А. П. Антропов, автор всех икон в нижнем храме.

Освящение обеих церквей произошло лишь в 1770, когда верхняя была наречена во имя благ. кн. Феодора Ярославича, брата св. Александра Невского, нижняя - во имя свт. Иоанна Златоуста.

В 1840 оба храма подверглись переделке. Иконостасы были заменены, и в них поместили образа работы Д. И. Антонелли, написанные частично в 1821 для Свято-Духовской церкви, а также работы Веригина. В верхнем этаже была сделана новая роспись и повешена картина "Снятие с креста" Я. Бассано, происходящая из домовой церкви гр. Г. Г. Орлова.

После переделки храмы были переосвящены: верхний 11 июня 1842 епископом Ревельским Венедиктом - во имя свт. Николая Чудотворца, нижний 17 сентября того же года - во имя благ. кн. Феодора епископом Винницким Афанасием. В 1867 иконостас и царские врата Феодоровской церкви вновь были переделаны.

С 1806 до начала XX века в нижнем храме производились захоронения. Здесь были погребены грузинские и имеретинские царевичи, умершие в Петербурге, а также гр. С. Г. Строганов. Ни одно из захоронений (их было около 100) не сохранилось.

В 1889 с алтарной стороны по проекту Г. И. Карпова начата постройка усыпальницы митрополита Исидора, где 6 октября 1891 освящена в качестве придельной церковь прп. Исидора Пелусиота с двухъярусным иконостасом. За четверть века существования в ней было произведено свыше 150 захоронений, прежде всего архиереев и церковных деятелей. Кроме того, здесь покоились: видный деятель русской культуры Т. И. Филиппов, математик И. А. Вышеградский, писатель кн. В. П. Мещерский.

С октября 1930 Феодоровская церковь не действовала, но окончательно она была закрыта постановлением Президиума Ленсовета от 2 сентября 1931, черед Исидоровской настал тремя месяцами позднее. В последней устроили гараж; прах митрополитов Исидора и Палладия перенесли на Никольское кладбище, остальные захоронения уничтожили.