Одноглавый кирпичный четырёхстолпный трехапсидный храм, сооруженный в кон. XV - нач. XVI вв. В 1680-х окружен папертью и сделан пятиглавым, в 1805-1806 перестроен в стиле псевдоготики на средства И. П. Юшкова. В папертях приделы Феодоровской Богоматери (с 1837) и Богоматери "Прежде Рождества и по Рождестве Дева" (с 1886). Закрыт в 1920-х, в 1964-1965 основной объем отреставрирован в формах XVI в. Долгое время был занят столовой. В 2010 возвращен верующим, отремонтирован, 12 дек. 2011 освящен. При восстановлении Феодоровский придел заменен на придел Леонтия Ростовского.

Монастырский собор, до закрытия место хранения многочисленных чтимых икон. У южной стены могила местночтимого блаженного Ионы.

Кирпичная одноглавая церковь в псевдорусском стиле над могилой прп. Мефодия Пешношского. Сооружена в 1886-1890 вместо каменного здания 1731-1732. Закрыта в 1920-х, до 1980-х служила котельной. В 2007 возвращена верующим, отремонтирована. 17 июня 2008 освящена великим чином первой из храмов монастыря.

В храме под спудом мощи прп. Мефодия Пешношского (+1392). До 1920-х место хранения чудотворной иконы Богоматери "Прежде Рождества и по Рождестве Дева".

Восьмигранная ярусная монастырская колокольня сооружена в 1-й трети XVI в., два верхних яруса надстроены в 1793. Во втором ярусе находился Богоявленский престол, в сер. XVIII в. перенесённый в Сретенскую церковь и упразднённый в 1786. В 1859 тщанием настоятеля монастыря арх-та Мефодия в память об основателе обители в подклете устроен престол прп. Мефодия Пешношского. Частично отреставрирована в 1960-х. В 2007 на историческом месте воссоздан и оборудован для богослужений Богоявленский престол; освящён 9 дек. 2013. 10 июля 2010, также на прежнем месте, вновь освящён придел Мефодия, в котором оборудован небольшой иконостас и расписаны своды и стены на тему истории обители. В помещение придела устроен проход (спуск) из примыкающей к колокольне Сергиевской церкви.

В 1778 упоминается находившийся в подклете колокольни придел Иоанна Предтечи, впоследствии упразднённый. Позднее здесь была устроена усыпальница настоятелей монастыря Макария, Максима и Сергия, а также благотворителя обители купца А. Г. Мокеева.