Дата постройки последнего здания: 1677   см. фотографии объектов той же эпохи

Каменная четырёхстолпная одноглавая церковь, первоначально имевшая восьмискатное покрытие, а позже завершённая четырёхскатной кровлей. Сооружена в 1677 тщанием игум. Феодоры. В 1786-1868 и в 1873-1900 была приписана к церкви Космы и Дамиана с Примостья. К четверику с трёх сторон примыкают паперти (в северной устроен Тихвинский придел). После закрытия обращена в склад. Частично повреждена в годы оккупации. Передана епархии в 1994. Возобновлена.

В XVII-XVIII вв. при Ильинском храме существовал мужской монастырь, упразднённый в 1764. В 1868 игум. Митрофанией (Розен) при храме создана женская община сестёр милосердия, ликвидированная в 1920-х. В 1868 церковная территория обнесена деревянной оградой со Святыми воротами под шатровым завершением с главкой, которые ряд современных исследователей считает часовней (не сохранилась). Однако в церковных документах данное сооружение именуется Святыми воротами.