Первый женский монастырь существовал в Холмогорах уже в сер. XVII в. Успенский женский монастырь был основан в 1687 архиеп. Афанасием на южной окраине города. В 1798 монастырю переданы строения бывшего архиерейского двора, расположенные рядом с Преображенским собором и с 1744 использовавшихся для казенных нужд, в которые в 1802 обитель и была переведена. От архиерейского двора уцелел главный корпус 1680-х. Большинство новых корпусов выстроено во 2-й пол. XIX в., к нач. ХХ в. один из крупнейших монастырей епархии. Закрыт в 1920, занят под тюрьму, потом передан под совхоз. Большая часть построек сохранилась, занята жильём, племзаводом и проч. в равг. 2017 территория монастыря вошла в состав архиерейского подворья Спасо-Преображенского собора села Холмогоры.

В 1744-1781 помещения архиерейского дома использовались как место проживания ссыльной семьи императора Иоанна VI ("брауншвейгского семейства").